煤炭占我国一次能源消费总量的68%，煤炭行业的健康发展，不仅关乎煤炭企业利益，更关乎国家能源安全以及与煤炭相关的化工、冶金、建材等行业的健康发展。但煤炭行业正面临以下困扰：
首先是承受五花八门的收费。目前，煤炭企业上缴的费用包括港口建设费、炸药安保费、车皮点装费、民兵训练费等88项，收费总额已经占到煤炭企业净利润的40%以上，企业疲于应付，苦不堪言。
其次是税赋繁重。2011年，全国煤炭开采洗选业增值税实际税率为7.5%，是全国规模以上工业企业增值税实际税率的2.4倍。
较后是以费代税现象普遍。作为一种不可再生且是全国人民共同拥有的资源，国家征收煤炭资源税无可厚非。但在我国现行的煤炭资源税费制度安排上，却主要采取了资源费的形式征缴，且“费”的比例明显大于税的比例。
以上现象在煤炭行业已经长期存在，将继续带来不良后果：一会动摇产业基础。2012年，我国重点煤炭企业亏损家数超过20%，产业景气指数下跌5.18%，并创下金融危机以来新低。这其中，价格下行固然是主因，但名目繁多的收费和过重的税赋无疑加剧了行业下行压力。在煤炭市场终结“十年黄金”期后，今后若继续加征繁多的税费，很可能导致煤炭行业全行业亏损，影响行业健康发展和国家能源安全。
二会弱化国家宏观调控能力。以费代税现象明显弱化了税收功能，使好不容易形成的政企分开，异化为以收费为媒介的政企合一；使已经建立起来的权益型收入分配机制，异化为权益加权力型收入分配机制，也减少了国家税收收入，弱化了政府宏观调控能力。的生产成本。
四易滋生腐败。过滥的行政性收费，为设立“小金库”、贪污腐败提供了方便。因此，从无论是从促进煤炭行业健康发展，减轻化工、建材、电力等行业成本压力，还是从保障国家能源安全考虑，都必须尽快“清费正税”。
首先要加强对解决煤炭税费问题的领导，由党中央、国务院统一部署，建立由各级主要领导直接负责，发改委、财税、纪检、司法、能源等部门领导为成员的推动煤炭税费制度改革部际领导小组，形成强有力的领导与执行机构，破除已形成的煤炭收费网，加快建立健全科学合理的煤炭税费制度。
其次要明确原则目标。遵循有利于煤炭产业发展、有利于现代能源产业体系建立、有利于节约资源和保护环境、有利于创造公平竞争环境、有利于规范政府行为、有利于增加财政收入和综合国力的原则，对现行税费项目彻底清理整顿。
较后要做到“清费”与“正税”并举。一方面，要全面清理各级政府越权擅自设立的基金和收费项目，凡可通过立税收取的要全部立税收取，凡已有财政拨款的行政管理类收费一律取消；凡政府越位收取的诸如煤炭价格调节基金、煤矿转产发展基金等微观经济范畴的收费，一律停止征收。
